Se sabe desde hace mucho tiempo que la cesárea plantea un riesgo moderado de enfermedades como la rinitis alérgica, el asma y la alergia alimentaria. La primera etapa de formación de la flora bacteriana en los intestinos es muy importante para que los bebés eviten este tipo de enfermedades alérgicas. La base de esta flora se establece durante el encuentro del bebé con la flora vaginal mientras avanza por el canal de parto de la madre. Los estudios muestran que Bacteroides y Bifidobacterium, conocidas como bacterias beneficiosas, están menos presentes en la flora intestinal de los bebés nacidos por cesárea que en los bebés nacidos por vía vaginal.
Al igual que los bebés nacidos por vía vaginal, los bebés nacidos por cesárea también entran en contacto con el ambiente microbiológico vaginal de sus madres.El proceso de aplicación del hisopo extraído de la vagina durante una cesárea en la boca, ojos, cara y piel del recién nacido se denomina "inseminación vaginal". En su estudio para beneficiarse del efecto protector de la flora vaginal de los bebés nacidos por cesárea, la microbióloga María Gloria Domínguez-Bello de la Universidad de Nueva York aplicó muestras tomadas de la vagina de sus madres en los ojos, la boca y la piel de los bebés, y Se observó que tenía efectos positivos. Cuando se compararon los bebés que se sometieron a inseminación vaginal durante el parto por cesárea con los que no, se encontró que la flora intestinal en los bebés que se sometieron a inseminación vaginal era similar a la de los que dieron a luz normalmente. Se cree que esta situación evitará significativamente el riesgo de desarrollar enfermedades alérgicas, que aumenta con la cesárea. Sin embargo, los resultados de las investigaciones sobre los beneficios y daños de la inseminación vaginal aún son limitados. Agentes infecciosos dañinos como el estreptococo del grupo B, la clamidia, la gonorrea y el herpes simple pueden estar presentes en la vagina de la madre, y la infección puede transmitirse al bebé a través de este proceso. Por esta razón, a las madres que quieran realizarse este procedimiento se les recomienda realizarse un examen ginecológico antes del nacimiento y pruebas de cultivo vaginal para asegurar que no existen bacterias o virus que puedan dañar al bebé. Además, no hay evidencia científica suficiente sobre los efectos a largo plazo de esta práctica y se necesitan más estudios para recomendar de forma rutinaria la inseminación vaginal a las madres.
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